支付系统是支付体系的核心和重要支撑。中国支付系统的建设与发展历经 3 个阶段：第一阶段为 1949 年至 1989 年 5 月的银行手工联行阶段，支付业务完全依赖于纯手工操作和信件、电报传递支付指令，效率低下，制约了新兴支付工具的使用。第二阶段为 1989 年 5 月到 2003 年 12 月的电子联行阶段，应用了当时先进的卫星通讯技术传输支付指令，实现了“天上三秒，地上三天”的目标，资金清算的效率大大提高。第三阶段是以 2003 年 12 月至今正在运行的中国现代化支付系统，标志着支付系统发展迈入新的历史阶段。

一直以来，中国人民银行认真扮演好组织者、推动者和监管者的角色，积极推动中国支付清算的现代化发展。截至目前，中国现代化支付系统已建成运行 6 个子系统，包括：大额实时支付系统、小额批量支付系统、全国支票影像交换系统、电子商业汇票系统、境内外币支付系统和网上支付跨行清算系统。除以上 6 个系统与全国同步运行外，甘肃省独有的全省本票通用、作为全国总备份的小额支票截留系统和支票圈存系统等创新业务系统建设和发展均居于全国前列。

2003年12月1日，大额实时支付系统在甘肃上线运行；2006年2月20日，小额批量支付系统在甘肃上线运行；2007年6月25日，全国支票影像交换系统在甘肃上线运行；2008年4月28日，境内外币支付系统在甘肃上线运行；2009年10月28日，电子商业汇票系统在甘肃上线运行；2011年1月24日，网上支付跨行清算系统在甘肃上线运行； 2009 年以来，中国人民银行在第一代支付系统运行十年的基础上，不断优化系统性能，丰富系统功能，开发建设了第二代支付系统，于 2013 年 10 月 8 日 在人民银行城市处理中心（ CCPC ）上线运行； 2014 年，第二代支付系统开始在银行业金融机构逐步上线推广； 9 月 22 日 ，甘肃农信社、甘肃银行、兰州银行接入第二代支付系统。