第二代支付系统充分考虑中国支付体系发展的实际情况，并借鉴国际先进经验，在系统性能和功能上发生的很大变化。相对于第一代支付系统，第二代支付系统的改进主要体现在：

1.支持商业银行以法人为单位一点集中接入。商业银行总行及其分支机构的支付业务可以集中通过一个账户完成处理。与第一代支付系统运行环境下，各商业银行需要以各省分行为单位开立账户并接入系统相比，有利于提高业务处理效率，也有利于商业银行的流动性，提高资金使用效率。各商业银行总行的资金管理部门可以方便地监测全行的流动性使用情况，更加灵活地调度资金。

2.提供更加丰富的流动性管理功能。流动性风险是支付系统面临的主要风险，一家机构不能及时支付可能连锁影响其他机构的正常支付。第二代支付系统新增了大额支付系统排队业务撮合、“资金池”管理、“一揽子”流动性实时查询等功能，清算效率提高。

3.支持在线支付业务的跨行处理。客户通过开户银行的网上银行或自主服务终端发起跨行支付业务后，一般在 10 秒钟之内就可以了解资金到账情况，有助于改进客户网上支付体验，促进电子商务发展。

4.系统运行维护更加高效。第二代支付系统的风险预警能力和运行监控效率都有很大提高，系统运行更加安全、稳定。

5.系统备份功能更加健全。第二代支付系统以生产为中心、远程备份中心和同城数据中心为架构，具有健全的生产恢复能力，确保突发事件发生时支付业务的连续处理及信息数据的安全完整。

6.采用国际通用的报文标准。第二代支付系统的报文标准采用国际通用的ISO20022报文规范，有利于各系统之间的互联互通，如计划通过第二代支付系统与有关外币清算系统对接，实现本外币交易的 PVP （同步收付）结算，提高本外币交易的结算效率，防范结算风险。